Munculnya mineral karbonat selalu berhubungan dengan kondisi air baik air tawar maupun air laut dimana batuan karbonat tersebut terbentuk. Walaupun mineral karbonat dapat terbentuk pada air tawar dan laut, namun informasi yang diperoleh banyak berasal dari kondisi air laut.
Mineral-mineral karbonat dapat terbentu pada kondisi kedalaman air yang bervariasi., namun produktifitas terbentuknya mineral karbonat hanya pada wilayah dimana cahaya matahari dapat menembus. Cahaya matahari efektif untuk menembus yaitu pada kedalaman 0 – 20 meter yang menunjukan tingkat produktifitas mineral karbonat paling tinggi.
Organisme juga menentukan produktifitas mineral karbonat penyusun batuan karbonat. Organisme tersebut antara lain seperti koral yang umum dijumpai sebagai penyusun batuan karbonat modern yang memiliki komposisi mineral aragonit, sedangkan organisme lainnya seperti algae, foraminifera umumnya tersusun oleh mineral kalsit.